Prof. Dr. Alper Çalgüner, 2007 yılında girdiği Gazi Üniversitesi'nde 2007-2010 yılları arasında Öğretim Görevlisi, 2010-2012 yılları arasında Öğretim Görevlisi Dr., 2012-2015 yılları arasında Yardımcı Doçent Dr., 2015 - 2022 yılları arasında Doçent Dr., 2022 yılından bugüne değin Prof. Dr. olarak görev yapmaktadır. 17 adet Yüksek Lisans, 5 adet Doktora öğrencisine tez danışmanlığı yapmış ve yapmaktadır.
Gazi Üniversitesi bünyesinde çeşitli araştırma ve uygulama projeleri yürütmüş, Fakülte Yönetim Kurulu'nda Doçent ve Yardımcı Doçent Temsilciliği, Bölüm ve Anabilim Dalı Başkan Yardımcılığı, Araştırma ve Uygulama Merkezi Yönetim Kurulu Üyeliği, Fakülte Erasmus Koordinatörlüğü gibi idari görevler yapmıştır. Gazi Üniversitesi bünyesinde verdiği Lisans ve Lisansüstü derslerin yanı sıra Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Atılım Üniversitesi ve TOBB ETÜ'de çeşitli dersler vermiştir.
Prof. Dr. Alper Çalgüner, NOVA (ABD), Ecolé des Mines (Fransa), Lancaster Üniversitesi (İngiltere), Edinburgh (İskoçya) ve Oxford (İngiltere)'de akademik etkinlikler yürütmüş, seminerler vermiş ve çalıştaylar yönetmiştir. 2007 ve 2020 yıllarında çeşitli ürünlerin tasarımcısı olarak tasarım tescilleri almıştır. Prof. Dr. Alper Çalgüner'in ulusal ve uluslararası projeleri, makale ve bildirilerinin yanı sıra, 3 adet de uluslararası bilimsel kitabı bulunmaktadır.
